多年來，為方便患者就醫(yī)，醫(yī)院始終堅持24小時接診。醫(yī)院積極踐行公立醫(yī)院改革，推進預約掛號工作，優(yōu)化服務流程，改善患者就醫(yī)體驗，受到國家衛(wèi)生健康委的肯定和廣大群眾的認可。醫(yī)院還承擔了上級部門委派的重大兒童傳染病防治、抗震救災支援、突發(fā)公共衛(wèi)生事件救治等醫(yī)療任務。

腫瘤內(nèi)科科室包括兒童實體腫瘤、兒童淋巴瘤兩個專業(yè)，住院部設置在北京兒童醫(yī)院順義院區(qū)，擁有兩個病區(qū)，分別收治兒童實體瘤、淋巴瘤病人。腫瘤內(nèi)科在北京兒童醫(yī)院西城院區(qū)、順義院區(qū)，均設置有專業(yè)門診，均由專業(yè)醫(yī)生團隊出診，患者可根據(jù)需求選擇不同院區(qū)就診。

2001年，在胡亞美院士和吳敏媛教授的直接領導下，成立北京兒童醫(yī)院血液病中心造血干細胞移植專業(yè)組，是國內(nèi)早系統(tǒng)開展兒童造血干細胞移植工作的中心之一。2021年，在原有血液腫瘤中心干細胞移植病房基礎上，成立了北京兒童醫(yī)院干細胞移植科，同年 6月，干細胞移植科在北京兒童醫(yī)院保定醫(yī)院，成立了我國北方、保定的兒童造血干細胞移植中心，現(xiàn)干細胞移植科分為2個病區(qū)，北京病區(qū)（本部）和保定病區(qū)， 2個病區(qū)共20間百級移植倉，6間千級移植倉，2個干細胞采集室，1個干細胞實驗室，每年進行150-250例造血干細胞移植，是目前我國北方的兒童造血干細胞移植中心，秦茂權帶領其團隊分別長駐北京和保定同時開展干細胞移植工作，保證及管理的同質(zhì)化。

開展的特色診療項目包括特發(fā)性眼球震顫等復雜斜視的手術及發(fā)病機制研究，兒童及嬰幼兒角膜移植手術，兒童眼球震顫及白內(nèi)障術后個性化視覺功能重建，早產(chǎn)兒視網(wǎng)膜病變的綜合診治，Ritleng淚道插管手術、微創(chuàng)淚道重建術、鼻內(nèi)窺鏡鼻腔淚囊吻合術等復雜兒童淚道疾病、利用GORE-TEX新型材料進行額肌懸吊術兒童上瞼下垂，先天性小瞼裂綜合征微創(chuàng)手術，視網(wǎng)膜母細胞瘤的個性化綜合， 360°微導管引導下小梁切開術先天性青光眼等。