北京301醫(yī)院擁有1個(gè)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、2個(gè)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、9個(gè)北京市重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，12個(gè)全軍醫(yī)學(xué)專業(yè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，國(guó)家臨床醫(yī)學(xué)研究中心1個(gè)，國(guó)際聯(lián)合研究中心1個(gè)，形成了以綜合診療為特色的13項(xiàng)專業(yè)優(yōu)勢(shì)。

北京301醫(yī)院先后獲得省部級(jí)以上科技成果獎(jiǎng)勵(lì)1300余項(xiàng)，其中，國(guó)家科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)7項(xiàng)，二等獎(jiǎng)22項(xiàng)，國(guó)家發(fā)明獎(jiǎng)3項(xiàng)，軍隊(duì)科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)21項(xiàng)。醫(yī)院承擔(dān)“973”、“863”等各類課題800多項(xiàng)，在中國(guó)國(guó)內(nèi)、國(guó)際公開(kāi)發(fā)表的論文總數(shù)和國(guó)內(nèi)論文被引用次數(shù)連續(xù)4年居全國(guó)醫(yī)院之首。

令狐恩強(qiáng)為中國(guó)逆行胰膽管造影（ERCP）規(guī)范的出臺(tái)做出了積極的貢獻(xiàn)，為中國(guó)消化道早癌的內(nèi)鏡下技術(shù)的完善與普及做了大量工作，為中國(guó)的內(nèi)鏡下早癌切除躋身世界先進(jìn)行列做出了積極的貢獻(xiàn)。

令狐恩強(qiáng)指出，近幾年，隨著消化內(nèi)鏡技術(shù)的快速發(fā)展，我國(guó)已從微創(chuàng)外科到超級(jí)微創(chuàng)外科的過(guò)渡?，F(xiàn)在廣義上的微創(chuàng)手術(shù)指的是微小創(chuàng)口的外科手術(shù)。然而微創(chuàng)發(fā)展到今天，它的概念已經(jīng)改變：相對(duì)于開(kāi)腹、開(kāi)胸而言，微創(chuàng)是用腹腔鏡、胸腔鏡等內(nèi)鏡對(duì)患者病變部位進(jìn)行切除，但是其切除的范圍仍然很大。然而隨著消化內(nèi)鏡技術(shù)的發(fā)展，我們現(xiàn)在強(qiáng)調(diào)：在保留組織解剖結(jié)構(gòu)完整和保證器官功能的基礎(chǔ)和前提下，可能性地切除病變部位，從而達(dá)到患者的目的。這我們稱之為“超級(jí)微創(chuàng)”，這也是未來(lái)醫(yī)學(xué)的發(fā)展趨勢(shì)。