北大醫(yī)院前身為北京醫(yī)科專門學校附設(shè)診察所，后陸續(xù)更名為北京醫(yī)科大學校附屬醫(yī)院、北平大學醫(yī)學院附屬醫(yī)院等。1946年，醫(yī)院隨北平大學醫(yī)學院并入北京大學，由此得名“北大醫(yī)院”。1952年，全國高等學校院系調(diào)整，北京大學醫(yī)學院獨立建院，設(shè)立北京醫(yī)學院，后又更名為北京醫(yī)科大學，醫(yī)院隨之先后更名為北京醫(yī)學院附屬醫(yī)院、北京醫(yī)學院第 一醫(yī)院、北京醫(yī)科大學第 一醫(yī)院。2000年，北京大學與北京醫(yī)科大學再次合并，醫(yī)院隨之更名為“北京大學第 一醫(yī)院”。2008年，醫(yī)院成為中央保健基地醫(yī)院。

北大醫(yī)院學科齊全，綜合實力居于國內(nèi)前列、國際一 流，臨床醫(yī)學一級學科整體進入國家雙建設(shè)學科范圍?，F(xiàn)有4個教育部重點學科（牽頭），1個國家中醫(yī)藥管理局重點學科（牽頭），3個北京市重點學科（牽頭），7個教育部重點學科（參與）；獲批國家臨床重點專科建設(shè)項目29次，覆蓋25個學科。

2022年度中國醫(yī)院聲譽排行榜中，1個學科位列全國第 一，5個學科排名前五、9個學科排名前十。在領(lǐng)軍人才建設(shè)方面，擁有中國工程院院士1人、國家自然科學基金創(chuàng)新群體1人、萬人計劃領(lǐng)軍人才/團隊6人、國家自然科學基金杰出青年基金獲得者10人、長江學者特聘/特崗教授5人、教育部創(chuàng)新團隊2人、科技部領(lǐng)軍人才/團隊6人，其他國 家級高層次人才13人、北京市高層次人才31人。

北京大學第 一醫(yī)院依托國家高水平醫(yī)院臨床研究和成果轉(zhuǎn)化能力試點項目，搭建生物樣本庫、研究型病房、交叉研究平臺、大數(shù)據(jù)AI平臺等，形成基礎(chǔ)研究、轉(zhuǎn)化研究、臨床研究為一體的創(chuàng)新平臺。在2022年度中國醫(yī)院醫(yī)院科技量值（STEM）排行榜中位列第14位，其中1個學科排名全國第 一，6個學科排名前十、9個學科排名前二十。近五年來，獲批國家、省部市、校級和橫向課題，以及臨床試驗合計2300余項，經(jīng)費約16億元，其中縱向課題超9億元。累計發(fā)表論文6000余篇，SCI（即《科學引文索引》）收錄論文3000余篇，其中部分發(fā)表在包括《Nature》、《New Engl J Med》、《JAMA》、《BMJ》等國際期刊上。獲國家、教育部、北京市、中華醫(yī)學會等科技成果獎70項，其中國家及部委級獎項12項。