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北京兒童醫(yī)院設備先進、設施完善、技術力量雄厚，科室齊全，設有呼吸科、泌尿外科、重癥醫(yī)學科、血液腫瘤中心等35個臨床和醫(yī)技科室。醫(yī)院擁有國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學研究中心，兒科重癥、小兒呼吸、中西醫(yī)結合兒科、小兒外科和臨床護理等5個國家臨床重點?？平ㄔO項目，還擁有兒童白血病分子分型、小兒耳鼻咽喉頭頸外科、兒科呼吸感染等3個北京市重點實驗室，北京市兒童外科矯形支具工程技術研究中心以及小兒先天性心臟病中心、小兒實體瘤中心、兒童睡眠疾病中心等1 6個市級醫(yī)療中心。在小兒復雜先心病的手術、各類脊柱畸形的矯正、小兒泌尿畸形矯正、腹胸腔鏡、急腹癥及創(chuàng)傷以及

神經(jīng)、呼吸、內(nèi)分泌、腎病、血液透析、耳鼻喉、纖維支氣管鏡、影像技術等專業(yè)疾病的診斷及診療設備居國內(nèi)地位，并率先在國內(nèi)將兒科就診年齡擴大到18歲。

醫(yī)院擁有教育部兒科學國家重點學科和教學團隊，是首都醫(yī)科大學兒科醫(yī)學院和兒科學系所在地，現(xiàn)有教授、副教授84人，博、碩士研究生導師64人，承擔著博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)、護理大中專及繼續(xù)醫(yī)學教育等多層次教學任務，并設有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

積極開展科研指導臨床是小兒泌尿外科的另一特色。尿道下裂病因學研究、包皮血液供應的解剖學研究、尿道下裂修復手術的臨床研究、腎腫瘤病理組織類型、橫紋肌肉瘤多藥耐藥性的研究、神經(jīng)源性膀胱等下尿路梗阻尿動力學研究等對推動上述臨床工作發(fā)展和水平提高發(fā)揮了重要作用。