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北京兒童醫(yī)院設(shè)備先進、設(shè)施完善、技術(shù)力量雄厚，科室齊全，設(shè)有呼吸科、泌尿外科、重癥醫(yī)學(xué)科、血液腫瘤中心等35個臨床和醫(yī)技科室。醫(yī)院擁有國家呼吸系統(tǒng)疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心，兒科重癥、小兒呼吸、中西醫(yī)結(jié)合兒科、小兒外科和臨床護理等5個國家臨床重點?？平ㄔO(shè)項目，還擁有兒童白血病分子分型、小兒耳鼻咽喉頭頸外科、兒科呼吸感染等3個北京市重點實驗室，北京市兒童外科矯形支具工程技術(shù)研究中心以及小兒先天性心臟病中心、小兒實體瘤中心、兒童睡眠疾病中心等1 6個市級醫(yī)療中心。在小兒復(fù)雜先心病的手術(shù)、各類脊柱畸形的矯正、小兒泌尿畸形矯正、腹胸腔鏡、急腹癥及創(chuàng)傷以及

神經(jīng)、呼吸、內(nèi)分泌、腎病、血液透析、耳鼻喉、纖維支氣管鏡、影像技術(shù)等專業(yè)疾病的診斷及診療設(shè)備居國內(nèi)地位，并率先在國內(nèi)將兒科就診年齡擴大到18歲。

醫(yī)院擁有教育部兒科學(xué)國家重點學(xué)科和教學(xué)團隊，是首都醫(yī)科大學(xué)兒科醫(yī)學(xué)院和兒科學(xué)系所在地，現(xiàn)有教授、副教授84人，博、碩士研究生導(dǎo)師64人，承擔(dān)著博士、碩士研究生、七年制兒科專業(yè)、護理大中專及繼續(xù)醫(yī)學(xué)教育等多層次教學(xué)任務(wù)，并設(shè)有博士后流動站，每年為社會輸送大量兒科人才。

北京兒童醫(yī)院小兒泌尿外科注重開展國內(nèi)外學(xué)術(shù)交流，同時是國內(nèi)小兒泌尿外科?？漆t(yī)師培訓(xùn)基地。近些年在包括美國新英格蘭雜志在內(nèi)的國內(nèi)外核心期刊發(fā)表論文350余篇。多次獲得北京市和北京市衛(wèi)生局科技進步獎。已完成或正在完成首都醫(yī)學(xué)發(fā)展基金、衛(wèi)生部重點支撐項目、跨世紀(jì)人才工程和十百千工程等多項科研項目。2012年獲得國家自然科學(xué)基金支持，對尿道下裂的病因?qū)W進行了深入的研究。近年來獲得專利近10項。