醫(yī)院設(shè)有眼底科、青光眼科、眼外傷科、白內(nèi)障中心、視光中心、眼角膜科、眼腫瘤科、眼肌科、眼中醫(yī)科、眼整形科、臨床檢查中心、中心防盲辦公室、同仁眼庫(kù)、北京市眼科研究所、耳科、鼻科、喉科、頭頸外科、中心防聾辦公室、北京市耳鼻咽喉科研究所、變態(tài)反應(yīng)科、心內(nèi)科、心外科、神經(jīng)內(nèi)科、消化內(nèi)科、呼吸內(nèi)科、腎內(nèi)科、內(nèi)分泌科、血液科、風(fēng)濕免疫科、感染科等科室。

其中眼科、耳鼻咽喉科為原衛(wèi)生部批準(zhǔn)的國(guó)家臨床重點(diǎn)專(zhuān)科，變態(tài)反應(yīng)科為國(guó)家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)批準(zhǔn)的國(guó)家臨床重點(diǎn)專(zhuān)科，中醫(yī)眼科學(xué)為國(guó)家中醫(yī)藥管理局批準(zhǔn)的中醫(yī)重點(diǎn)學(xué)科。

北京同仁醫(yī)院眼底專(zhuān)科現(xiàn)有在職主任醫(yī)師11人，副主任醫(yī)師14人，是國(guó)內(nèi)規(guī)模大、綜合實(shí)力強(qiáng)的眼底病團(tuán)隊(duì)。團(tuán)隊(duì)骨干擁有各自明確的臨床專(zhuān)長(zhǎng)和相關(guān)研究方向，在視網(wǎng)膜脫離、糖尿病視網(wǎng)膜病變、高度近視、黃斑部疾病、眼底腫瘤等多種常見(jiàn)及疑難復(fù)雜眼底病的臨床領(lǐng)域處于國(guó)際前沿。

北京同仁醫(yī)院眼外傷專(zhuān)科成立于1968年，是國(guó)內(nèi)早成立的集臨床、科研、教學(xué)于一體的眼外傷專(zhuān)科。北京同仁眼外傷專(zhuān)科技術(shù)力量雄厚，學(xué)科梯隊(duì)合理，擁有包括多位經(jīng)驗(yàn)豐富、享有盛譽(yù)的專(zhuān)家和教授在內(nèi)的近20名副主任醫(yī)師以上職稱(chēng)的高級(jí)專(zhuān)業(yè)人才。每月專(zhuān)家門(mén)診量在1700人次以上，固定病床50余張，年手術(shù)量達(dá)5000人次以上。

近年來(lái)眼外傷專(zhuān)科在國(guó)內(nèi)率先開(kāi)展各種眼外傷、眼底病的診治新技術(shù)，包括顯微眼內(nèi)窺鏡下的視網(wǎng)膜脫離復(fù)位、眼內(nèi)異物取出以及眼內(nèi)窺鏡睫狀突光凝難治性青光眼等，為眼外傷患者提供了新的途徑;包括23G、25G微創(chuàng)玻璃體視網(wǎng)膜手術(shù)，在“微創(chuàng)意識(shí)”引領(lǐng)下積極開(kāi)展微創(chuàng)玻璃體視網(wǎng)膜手術(shù)，以小侵襲或損傷達(dá)到佳手術(shù)療效。另外開(kāi)展虹膜瞳孔損傷修復(fù)、帶虹膜人工晶狀體植入、鞏膜層間人工晶狀體固定、人工角膜鏡下玻璃體手術(shù)聯(lián)合角膜移植、各類(lèi)兒童玻璃體視網(wǎng)膜病變的微創(chuàng)玻璃體手術(shù)、兒童復(fù)雜眼外傷的微創(chuàng)玻璃體手術(shù)、抗VEGF外傷性新生血管疾病等。