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中國人民解放軍總醫(yī)院前身是中國協(xié)和醫(yī)學(xué)院第二臨床學(xué)院，1953年10月，總后方勤務(wù)部衛(wèi)生部決定將“中國協(xié)和醫(yī)學(xué)院第二臨床學(xué)院”改為“軍委直屬機關(guān)醫(yī)院”。

1954年7月，總后方勤務(wù)部衛(wèi)生部將“軍委直屬機關(guān)醫(yī)院”改為“中國人民解放軍第三〇一醫(yī)院”。

1957年6月，國防部批示“中國人民解放軍第三〇一醫(yī)院”番號撤銷，改稱為“中國人民解放軍總醫(yī)院”。

軍醫(yī)進(jìn)修學(xué)院是以解放軍總醫(yī)院為依托建設(shè)和發(fā)展起來的，始建于1958年11月，1962年停辦。

1979年6月，經(jīng)中央軍委批準(zhǔn)恢復(fù)軍醫(yī)進(jìn)修學(xué)院。

1986年9月批準(zhǔn)正式列入全軍院校編制序號。

2004年全軍整編將三〇四醫(yī)院更名為三〇四臨床部，對外稱解放軍總醫(yī)院附屬醫(yī)院，列入解放軍總醫(yī)院編制序列。

2009年2月，解放軍總醫(yī)院與海南省正式簽訂共同建設(shè)海南分院戰(zhàn)略合作協(xié)議，拉開了總醫(yī)院歷史上跨地域、整建制異地辦院的序幕；

2009年8月，海南分院在三亞海棠灣破土動工；

2009年8月，解放軍總醫(yī)院第二附屬醫(yī)院（原309醫(yī)院）完成轉(zhuǎn)隸移交，隸屬總參謀部領(lǐng)導(dǎo)，更稱呼為解放軍總參謀部總醫(yī)院。

2011年12月，38.3萬平方米的現(xiàn)代醫(yī)療城竣工并投入試運行；

2012年6月9日，解放軍總醫(yī)院海南分院正式開診運行。

2019年7月由科技部、國家衛(wèi)生健康委、軍委后勤保障部和原食品藥品監(jiān)管總局正式批準(zhǔn)依托解放軍總醫(yī)院第五醫(yī)學(xué)中心成立國家感染性疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心。研究中心整合國內(nèi)79家協(xié)作醫(yī)院，針對慢性乙肝、慢性丙肝、艾滋病及其相關(guān)疾病等病種，建立病程涵蓋臨床各個階段的大隊列，同時建立標(biāo)準(zhǔn)化的生物樣本庫、臨床診療信息庫及的疾病發(fā)病追蹤系統(tǒng)，形成涵蓋重大感染性疾病及各個病程的資源平臺，終建立我國規(guī)范的病毒性肝炎、艾滋病臨床大數(shù)據(jù)及生物樣本庫整合平臺，形成專業(yè)的管理團隊，為建立符合我國人群特點的肝病、艾滋病診療體系提供重要戰(zhàn)略性資源。

國家耳鼻咽喉疾病臨床醫(yī)學(xué)研究中心是為加強我國耳鼻咽喉疾病醫(yī)學(xué)科技創(chuàng)新體系建設(shè)、打造臨床醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化研究的“高地”而創(chuàng)建的項目，目標(biāo)是形成我國耳鼻咽喉疾病重大臨床醫(yī)學(xué)研究的“國家隊”。

擬通過開展高質(zhì)量循證醫(yī)學(xué)研究、驗證新技術(shù)和新方法、實施多學(xué)科交叉轉(zhuǎn)化研究、開發(fā)和推廣基層適宜技術(shù)、探索臨床研究方法和管理模式，搭建國家耳鼻咽喉疾病臨床研究公共技術(shù)支撐的平臺。通過高質(zhì)量臨床多中心研究，出指南、出理論、出技術(shù)、出產(chǎn)品、出成效，為國家制定政策提供依據(jù)，以提高耳鼻咽喉疾病防控能力，改善民眾健康。