高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項(xiàng)審計(jì)，是指注冊(cè)會(huì)計(jì)師接受擬向有關(guān)部門申請(qǐng)進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的申報(bào)企業(yè)委托，對(duì)其近三個(gè)會(huì)計(jì)年度(實(shí)際經(jīng)營不滿三年的按實(shí)際經(jīng)營年限)的研究開發(fā)費(fèi)用結(jié)構(gòu)明細(xì)表和近一個(gè)會(huì)計(jì)年度的高新技術(shù)產(chǎn)品(服務(wù))收入明細(xì)表進(jìn)行審計(jì)，并出具專項(xiàng)審計(jì)報(bào)告。

1、凡擬向有關(guān)部門申請(qǐng)進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定的企業(yè)，均需要進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項(xiàng)審計(jì)；

2、由于高新技術(shù)企業(yè)資格自頒發(fā)證書之日起有效期為三年，期滿前三個(gè)月內(nèi)企業(yè)應(yīng)提出復(fù)審申請(qǐng)，不提出復(fù)審申請(qǐng)或復(fù)審不合格的，其高新技術(shù)企業(yè)資格到期自動(dòng)失效。

所以凡擬向有關(guān)部門申請(qǐng)進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審的企業(yè)，均需要進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項(xiàng)審計(jì)。

因此，不管是初次申報(bào)還是復(fù)審，都需要進(jìn)行高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定專項(xiàng)審計(jì)。

高新技術(shù)企業(yè)專項(xiàng)審計(jì)，是依據(jù)高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定辦法相關(guān)規(guī)定，對(duì)近三年的研發(fā)費(fèi)用支出情況及高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入情況進(jìn)行審計(jì)，出具審計(jì)專項(xiàng)報(bào)告。該報(bào)告主要用于企業(yè)申辦高新技術(shù)企業(yè)或高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審使用。提供給科委、財(cái)政、稅務(wù)、工商單位及管理層和董事會(huì)等相關(guān)。

在財(cái)務(wù)報(bào)表審計(jì)中，一般不專門提及與高新技術(shù)研究開發(fā)費(fèi)用支出相關(guān)的內(nèi)部控制?！秾ｍ?xiàng)審計(jì)指引》強(qiáng)調(diào)研究開發(fā)費(fèi)用控制通常屬于申報(bào)企業(yè)費(fèi)用和成本控制的重要組成部分，要求注冊(cè)會(huì)計(jì)師在對(duì)研究開發(fā)費(fèi)用控制進(jìn)行了解時(shí)，需要考慮那些影響研究開發(fā)費(fèi)用完整性、發(fā)生、準(zhǔn)確性和分類的控制點(diǎn)。同時(shí)，《專項(xiàng)審計(jì)指引》給出了研究開發(fā)業(yè)務(wù)流程通?？赡馨ǖ闹饕顒?dòng)，如立項(xiàng)和預(yù)算管理、人員管理、材料和設(shè)備管理以及結(jié)項(xiàng)管理等。