無塵無菌車間是車間既能達到無塵效果，又能達到無菌效果的一種新有名詞。它是污染控制的源頭。在工廠里，沒有無塵室，污染敏感度高的零件不可能批量生產。無塵無菌車間被定義為具備空氣過濾、優(yōu)化、構造材料和組裝的房間，其中特定的規(guī)定操作程序是控制空氣懸浮微粒濃度，從而達到其規(guī)定的標準。

無菌容器和密封件以及灌裝封口作業(yè)的局部暴露區(qū)域內空氣的潔凈度應達到100級要求，該潔凈度下每立方米空氣中含有≥0.5靘的粒子數應不得過3500個，空氣浮游菌的含量應不得超過5CFU/m3。

無菌操作區(qū)域內的100級潔凈區(qū)內的空氣在其使用點處應經過濾器過濾后呈單向流態(tài)（層流）輸送，流速應滿足空氣以活塞的方式吹除灌封區(qū)內的懸浮粒子的需要。

一方面是徹底，另一方面防止污染，是無菌技術的兩個方面。另外，還要防止所研究的微生物，特別是致病微生物或經過基因工程改造了的本來自然界不存在的微生物從實驗容器中逃逸到外界環(huán)境中去。為了這些目的，在微生物學中，有許多措施。

承接食品廠無菌車間工程，對超高溫有蒸煮味的物料可采用高溫短時，此種方法可較好保持產品的營養(yǎng)、風味，其典型應用是對牛乳制品的以及部份蔬菜制品。物料的冷方法是指根據不同場合各種劑或紫外線、輻射、微波照射等以達到目的。