實驗室凈化工程等級設計也很關鍵，一般的無菌室實驗室潔凈度等級都是萬級，一般普通實驗室則大范圍十萬級~萬級的布局設計。生物實驗室、陽性對照實驗室以及微生物培養(yǎng)實驗室則需按照靜態(tài)百級的潔凈室標準進行設計、施工。

萬級凈化主要靠潔凈的氣流不斷稀釋室內的空氣,將室內的污染逐漸排出,來實現(xiàn)潔凈效果。室內的氣流是以不均勻的速度呈不平行流動,拌有回流或渦流,不同等級的無塵室,主要是依靠單位時間內所送風量的不同來實現(xiàn)。 目前有十萬級和三十萬級兩種標準。

潔凈實驗室的外圍護結構如門窗、墻板、吊頂板、過濾器、電器燈具等方面要充分考慮其保溫、隔熱、防火、防潮、密閉性能好的要求，做到不產塵、無裂痕、可擦洗、耐潮濕，板縫平齊密封，壓縫條平直縫隙小。地面則力求做到耐磨、耐沖擊、耐火、耐侵蝕性好，不易產生靜電，表面不易附著塵粒。

萬級無菌室應有內、外兩間，內間是無菌室，外間是緩沖室。房間容積不宜過大，以便于空氣自凈。內間面積2 ×2.5＝5m2，外間面積1 × 2＝2m2，高以2.5m以下為宜，都應有天花板。內間應當設拉門，以減少空氣的波動，門應設在離工作臺遠的位置上，外間的門也用拉門，要設在距內間zui遠的位置上。在分隔內間與外間的墻壁或 "隔扇 "上，應開一個小窗，作接種過程中必要的內外傳遞物品的通道，以減少人員進出內間的次數，降低污染程度。小窗寬60cm、高40cm、厚30cm，內外都掛對拉的窗扇。